细菌会给基因研究带来问题

时间:2020-04-27 22:06 来源:seo 作者:小可爱科技知识网 点击量:

细菌会给基因研究带来问题

在细菌中常见的令人费解的DNA修饰在人类或其他哺乳动物中不存在。瑞典林雪平大学(Linkoping University)的科学家们在《科学进展》(Science Advances)杂志上发表的一项新研究表明了这一点。本研究表明,动物中表观遗传标记6mdA的检测可能是由于所用技术的局限性和样品的细菌污染造成的。

几年前发表的一些研究引起了遗传学研究人员的极大兴趣。这些研究检验了一种特殊的表观遗传标记,即影响DNA序列在不同细胞中使用方式的DNA修饰。这个标记以前从未在多细胞生物中观察到。相比之下,这种被称为“6mdA”的标记在细菌中较为常见,它在保护细菌免受病毒侵害方面发挥着重要作用。许多研究小组的报告称,他们在各种动物物种甚至人类细胞中发现了6mdA,这不仅引起了研究界的极大兴趣,也引发了一些问题。其中之一与检测到的6mdA水平有关,6mdA水平非常低,以至于科学家们怀疑这种罕见的表观遗传信号是否真的有作用。在这些初步报告之后,其他一些发表的研究无法在动物体内检测到6mdA。

和其他许多研究小组一样,林雪平大学的科尔姆·内斯特的研究小组也开始研究这个令人困惑的表观遗传信号。然而,他们无法在人类或老鼠细胞中检测到它。最终,他们在两个人体细胞样本中检测到了6mdA,但结果发现这两个样本都被支原体细菌污染了。研究人员怀疑,表观遗传标记来自细菌,而不是人类细胞。他们用抗支原体的抗生素处理细胞,发现6mdA信号消失。

刘研究员认为,在表观遗传学研究中,支原体细菌污染是一个被低估的问题。他们发现的这种支原体菌株在健康人身上很常见,通常不会对健康造成任何负面影响。由于支原体细菌不仅存在于细胞外,也存在于体内细胞内,所以在人体样本中可能存在这种细菌,但未被发现。对于大多数类型的细菌,研究人员可以很容易地检测出在实验室培养的细胞是否受到了污染。然而,这不是支原体污染的情况,这需要特殊的检测。

刘的研究人员很快发现,不仅仅是支原体细菌给研究人员研究6mdA标记带来了问题。他们还发现了检测这种表观遗传修饰的几种方法的问题。

“我们意识到,这些技术检测到的6mdA‘信号’只是噪音。然而,由于几个复杂的技术问题,几种方法中的背景噪声都不是随机的,而是一种真实的信号。现在我们可以毫无疑问地说,哺乳动物中不存在6mdA,”林雪平大学生物医学和临床科学系研究员、该研究的负责人Colm Nestor说。

科尔姆·内斯特认为,哺乳动物中6mdA的报告来自于在著名科学期刊上发表的执行良好的研究。这是非常不寻常的,几个方法给出了类似的误导结果,作为一个完全不同的人工制品的结果。

“当我们分析非常罕见的现象时,我们必须非常小心,并考虑我们是否真的可以用我们选择的方法来测量它们。关于6mdA,如果研究人员停止研究一些根本不存在的东西,可以节省很多时间和金钱,避免很多失望,”Colm Nestor说。

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